Новым коронавирусом от пациентов с пневмонией в Китае, 2019


Пациентов

Рис. 1. Рис. 1. На Рентгенограммах Грудной Клетки.

Показаны рентгенограммах грудной клетки от пациента 2 на 8 и 11 дней после начала заболевания. Трахея была интубирована и механической вентиляции возбуждено в период между приобретением двух изображений. Двусторонние мягкие помутнения присутствуют на обоих снимках, но повышенной плотности, изобилие, и слияния второго изображения; эти изменения особенно заметны в нижних полях легких. Изменения в соответствии с накоплением плевральной жидкости также видны на втором рисунке.

Три взрослых пациентов представлены с тяжелой пневмонией и был госпитализирован в Вухан по 27 декабря 2019 года. Пациент 1 была 49-летняя женщина, пациент 2 был 61-летний мужчина, и пациент 3 был 32-летний мужчина. Клинические профили были доступны для пациентов 1 и 2. Пациент 1 сообщили о том, что нет базовых хроническими заболеваниями, но сообщил, лихорадка (температура 37°C до 38°C) и кашель дискомфорт в груди на 23 декабря 2019 года. Через четыре дня после начала болезни, ее кашель и дискомфорт в груди ухудшилась, но жар был снижен; диагноз пневмония, основанные на компьютерно-томографическую (КТ). Ее работа была розничной торговли на оптовом рынке морепродуктов. Пациент 2 первоначально сообщалось температурой и кашлем на 20 декабря 2019; дыхательная недостаточность развивалась через 7 дней после начала заболевания и ухудшилось в течение следующих 2 дней (см. на рентгенограммах грудной клетки, Рис. 1), в какое время ИВЛ была начата. Он был частым гостем на оптовый рынок морепродуктов. Пациенты 1 и 3 выздоровели и были выписаны из больницы 16 января 2020 года. Пациент 2 скончался 9 января 2020 года. Были получены не биоптатов.

Выявление и изоляция новым коронавирусом

Три образца бронхоальвеолярного-лаваж собраны из больницы Jinyintan Ухань на 30 декабря 2019 года. Никаких конкретных патогенов (в том числе HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-OC43, и HCoV-HKU1) были обнаружены в клинических образцах от этих больных RespiFinderSmart22kit. РНК экстрагировали из бронхоальвеолярного-лаважной жидкости у пациентов был использован в качестве шаблона для клонирования и определения последовательности генома с помощью комбинации секвенирования Illumina, США и нанопор последовательности. Более 20 000 вирусных читает отдельные образцы были получены, и большинство контиги совпал с геномом из рода В рода betacoronavirus — показывает более 85% идентичности с битой ОРВИ-как ков (бат-СЛ-CoVZC45, MG772933.1) геном, опубликованные ранее. Положительные результаты были также получены с использованием в реальном времени-ПЦР РНК ориентации на консенсус области RdRp Пан β-ков (хотя пороговое значение цикла был выше, чем 34 для обнаруженных образцов). Выделение вирусов из клинических образцов проводили с человека дыхательных путей эпителиальных клеток и Vero E6 и А-7 клеточных линий. Изолированный вирус был назван 2019-нков.

Рис. 2. Рис. 2. Цитопатических эффектов в человеческом дыхательных путей эпителиальных культур клеток после инокуляции с 2019-нков.

Чтобы определить, является ли вирусные частицы могут быть визуализированы в 2019 году-нков–инфицированных человека дыхательных путей эпителиальных клеток, макет-инфицированных и 2019-нков–инфекции дыхательных путей человека покровных культур были изучены с помощью световой микроскопии ежедневно и просвечивающей электронной микроскопии через 6 дней после инокуляции. Цитопатических эффектов не наблюдалось 96 часов после инокуляции на поверхность пласты человеческого дыхательных путей эпителиальных клеток; отсутствие ресничка избиение было видно с легкими microcopy в центре внимания (Рис. 2). Никаких конкретных цитопатических эффектов, которые наблюдались в отель Vero E6 и А-7 клеточных линий до 6 дней после инокуляции.

Рис. 3. Рис. 3. Визуализация 2019-нков с трансмиссионной электронной микроскопии.

Минус-в пятнах 2019-нков частиц представлены в группе, А 2019-нков частиц в человеческом дыхательных путей эпителиальных клеток ультратонких срезов показаны на панели В. наконечники стрел свидетельствуют внеклеточные вирусные частицы, стрелки указывают включение органов, образуемых компоненты вируса, а треугольники указывают на реснички.

Электронные микрофотографии негативно окрашенных 2019-нков частицы были, как правило, сферические с некоторыми плеоморфизм (Рис. 3). Диаметр варьируется от приблизительно 60 до 140 Нм. Вирусные частицы были довольно характерными шипами, около 9 до 12 нм, и дал вирионов внешний вид солнечной короны. Бесплатные внеклеточных вирусных частиц и внутриклеточных включений, наполненный вирусных частиц в мембраносвязанных везикул в цитоплазме были обнаружены в человеческом дыхательных путей эпителиальных ультратонкие срезы. Эта наблюдаемая морфология соответствует семейство Coronaviridae.

Для дальнейшей характеризации вируса, де ново последовательности 2019-нков генома из клинических образцов (бронхоальвеолярного-лаважной жидкости) и эпителия дыхательных путей вирусом клетки человека, были получены изоляты купить Illumina, США и нанопор секвенирования. Нового коронавируса был выявлен у всех трех пациентов. Два почти полный-длина коронавирус последовательности были получены из бронхоальвеолярного-лаважной жидкости (BetaCoV/Ухань/IVDC-НВ-04/2020, BetaCoV/Ухань/IVDC-НВ-05/2020|EPI_ISL_402121), и один полный-длина последовательности были получены из вируса, выделенного от пациента (BetaCoV/Ухань/IVDC-НВ-01/2020|EPI_ISL_402119). Полный геном последовательности три романа коронавирусы были представлены GISAID (BetaCoV/Ухань/IVDC-НВ-01/2019, присоединение идентификатор: EPI_ISL_402119; BetaCoV/Ухань/IVDC-НВ-04/2020, присоединение идентификатор: EPI_ISL_402120; BetaCoV/Ухань/IVDC-НВ-05/2019, вступление идентификатор: EPI_ISL_402121) и 86.9% нуклеотидных последовательностей идентификаторов в ранее опубликованных битой ОРВИ-как ков (бат-СЛ-CoVZC45, MG772933.1) геном. Трех 2019-нков геномов, собранных в пределах sarbecovirus подрода, который показывает типичный betacoronavirus организации: 5′ нетранслируемой области (НТО), replicase комплекс (orf1ab), с ген, ген е, м ген, Ю Ген, 3′ утр, и несколько неопознанных неструктурных открытые рамки считывания.

Рис.4. Рис.4. Схема 2019-нков и филогенетический анализ 2019-нков и других Betacoronavirus геномов.

Показаны схемы 2019-нков (в группе) и филогенетический анализ 2019-нков и других betacoronavirus геномов в Orthocoronavirinae подсемейства (панель Б).

Хотя 2019-нков похож на какую-то betacoronaviruses обнаружить в летучих мышей (Рис. 4), Его отличие от ОРВИ-CoV и БВРС-КоВ. Трех 2019-нков коронавирусы из Вухана вместе с двумя бат-производные ОРВИ-подобных штаммов, ZC45 и ZXC21, формируют отдельные клады. Торс-ков штаммов от людей и генетически похожие ОРВИ-как коронавирусов от летучих мышей, собранных из Юго-Западного Китая образовался еще один клад в пределах подрода sarbecovirus. Поскольку последовательность идентичности в консервированной replicase доменов («ОРФ» 1аб) составляет менее 90% в период с 2019-нков и других членов betacoronavirus, в 2019-нков — вероятного возбудителя вирусной пневмонии в Ухани — это роман betacoronavirus, принадлежащих sarbecovirus подрод Coronaviridae семьи.

По материалам сайта nejm.org
По материалам сайта nejm.org

The New England Journal of Medicine - издаваемый на английском языке медицинский рецензируемый научный журнал. Издатель - медицинское общество Массачусетса, США. Это старейший периодический медицинский журнал в мире, и наиболее широко читаемое, цитируемое и влиятельное периодическое издание по общей медицине в мире.

Оставить комментарий

Ваш адрес электронной почты не будет опубликован. Обязательные для заполнения поля отмечены *