Ранняя динамика передачи в городе Wuhan, Китай, коронавирусом–инфицированных пневмонией

Источники данных

Самые ранние случаи заболевания были выявлены через “пневмония неясной этиологии” механизм наблюдения.4 пневмонии неизвестной этиологии-это заболевание без причинный возбудитель установлено, что исполняет следующие критерии: лихорадка (≥38°С), рентгенологических признаков пневмонии, низкое или нормальное количество белых кровяных клеток или низкое количество лимфоцитов, а не симптоматическое улучшение после антибактериальной терапии в течение 3-5 дней после стандартных клинических руководящих принципов. В ответ на выявление случаев заболевания пневмонией и в целях повышения чувствительности для ранней диагностики, мы разработали индивидуальный протокол наблюдения для выявления потенциальных случаев на 3 января 2020 года, с использованием стандартного определения случая, описанного ниже.1 раз в предполагаемый случай был выявлен, совместной полевой эпидемиологии команда в составе членов из Китайского центра по контролю и профилактике заболеваний (ЦКЗ Китай) вместе с провинциальными, муниципальными СРС и СРС префектуре сообщили бы начать детальный полевых исследований и сбора респираторных образцов на централизованное тестирование в Национальном институте вирусных контролю и профилактике заболеваний, Китай CDC, в Пекине. Совместная группа в составе сотрудников из Китая CDC и местных СРС проведены детальные полевые исследования для всех предполагаемых и подтвержденных 2019-нков случаях.

Данные были собраны на стандартизированные формы через интервью инфицированных лиц, родственники, близкие контакты, и медицинские работники. Мы собрали информацию о датах начала болезни, посещение медицинского учреждения, госпитализацию, и клинические исходы. Эпидемиологические данные были собраны в ходе интервью и отчеты. Следователи опросили каждого пациента с инфекцией и их родственников, в случае необходимости, для определения экспозиции истории за 2 недели до наступления болезни, в том числе даты, время, частота и характер воздействия на любые дикие животные, особенно те, якобы существующих в Хуанань морепродукты оптом рынок в Ухане, или воздействия каких-либо соответствующих средах, таких как специфических рыночных или других продуктовых рынков. Информация о контакте с другим с похожими симптомами был также включен. Все эпидемиологические данные, собранные в ходе полевых исследований, в том числе и историю облучения, сроков мероприятий, а также тесные контакты идентификации, была сверена с информацией из различных источников. Домохозяйств и местах, как известно, посетили больных в 2 недели до начала заболевания также были исследованы для оценки возможного воздействия окружающей среды и животных. Данные были занесены в центральную базу данных, в двух экземплярах, и были проверены с помощью программного обеспечения начиная (Ассоциации начиная).

Определение Случая

Первоначальные определения рабочих дело по подозрению в НЦИС были основаны на ОРВИ и ближневосточный респираторный синдром (БВРС) определение случая, в соответствии с рекомендациями Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) в 2003 и 2012 годах.6-8 подозреваемого в НЦИС случае определяется как пневмония, что либо выполняются все следующие четыре критерия — температура, С или без температура; рентгенологические симптомы пневмонии; низкое или нормальное количество белых кровяных клеток или низкое количество лимфоцитов; и никакое уменьшение симптомов после антибактериальной терапии в течение 3 дней, следующих стандартных клинических руководящих принципов или выполнил указанных первых трех критериев и эпидемиологические ссылку на Хуанань морепродукты оптом рынок или контакта с другими пациентами с подобными симптомами. Эпидемиологические критерии определения подозрением на Эболу были обновлены на 18 января, 2020, после новой информации о выявленных случаях стала доступна. Критерии были следующие: история путешествия в Вухан или прямой контакт с пациентами из Вухана кто лихорадки или респираторных симптомов, в течение 14 дней до наступления болезни.9 подтвержденный случай был определен как случае с респираторными образцы, которые дали положительный результат на 2019-нков, по меньшей мере, один из следующих трех методов: изоляция 2019-нков или, по крайней мере, два положительных результата в режиме реального времени обратной транскрипции–полимеразной цепной реакции (от-ПЦР); на 2019 год-нков или генетической последовательности, которая соответствует 2019-нков.

Испытательная Лаборатория

В 2019-нков лабораторных исследований анализы были основаны на предыдущие рекомендации ВОЗ.10 верхних и нижних дыхательных путей образцы были получены от пациентов. РНК были извлечены и проверены в реальном времени от-ПЦР с 2019-нков–специфических праймеров и зондов. Испытания проводились в уровень биобезопасности 2 объекта в Хубэй (провинция) ЦКЗ, а потом в Республиканском институте контроля вирусным заболеванием в Китае ЦКЗ. Если две цели (открытые рамки считывания 1а или 1Б, нуклеокапсидного белка) дали положительный результат на конкретных реальном времени от-ПЦР, то дело будет рассматриваться лабораторно подтвержденных. Пороговое значение цикла (КТ-значение) менее 37 был определен как положительный тест, и КТ-значения 40 или более определяется как отрицательный тест. Средних нагрузок, который определяется как ст-Стоимость от 37 до менее чем 40, требуется подтверждение по переаттестации. При повторном КТ-значение было меньше 40 и наблюдается явный пик, или если повторное КТ-стоимость была меньше 37, то повторите тест считается положительным. Генома был определен в образцах бронхоальвеолярного-лаважной жидкости у пациента посредством одного из трех методов: секвенирование по Сенгеру, секвенирования Illumina, США, или Nanopore секвенирования. Респираторных образцов были привиты в клетках вирусных изоляцией в усиленной лабораторной биобезопасности 3 зал на Китай ЦКЗ.3

Статистический Анализ

Кривая эпидемии было построено по дате начала заболевания, и ключевые даты, относящиеся к определению эпидемии и меры контроля были наложены друг на друга для интерпретации. Случае характеристики были описаны, включая демографические характеристики, воздействия и медицинского работника о состоянии. Инкубационного периода (т. е. времени задержки от момента заражения до начала болезни) оценивалась сторона логарифмически нормального распределения к данным об истории экспозиции и даты появления в подгруппе пациентов с подробной информацией. Начало-в первой-медицинской-перейти и начала заболевания до поступления распределений были рассчитаны путем аппроксимации Вейбулла по времени наступления болезни, первое посещение врача и госпитализации в подгруппе больных с подробная информация. Мы установили гамма-распределения для данных из кластера исследований для оценки последовательных интервала распределения, определяемый как промежуток времени между датами наступления болезни в ряде случаев в цепи передачи.

Мы оценили темпы роста эпидемии на основе анализа данных о случаях с симптомами заболевания, наступившими в период с 10 декабря и 4 января, потому мы ожидали, что доля выявленных случаев будет только увеличиваться после официального объявления о вспышке в Ухани на 31 декабря. Мы обтянули передача модель (формулируется с помощью обновления уравнений) с зоонозных инфекций до наступления даты, которые были не связаны с Хуанань морепродуктов оптовом рынке, и мы использовали эту модель, чтобы определить темпы роста эпидемии, эпидемии удвоение времени, и основное репродуктивное число (Р0), которая определяется как ожидаемое число дополнительных случаев, что в одном случае будет генерировать, в среднем, в течение инфекционного периода, в противном случае незараженного населения. Мы использовали информативного априорного распределения для последовательных интервала на основе серийного интервала ОРВИ в среднем с 8.4 и стандартным отклонением 3.8.11

Анализы инкубационный период, серийный интервал, темпы роста, и R0 проводились с использованием программы MATLAB (MathWorks в). Другие анализы были выполнены с использованием программного обеспечения компании SAS (САС институт) и программного обеспечения R (основания R для статистических вычислений).

Утверждение Этики

Сбор и анализ данных о случаях и тесные контакты были установлены Национальной комиссией здравоохранения Китайской Народной Республики Китай, чтобы быть частью непрерывного общественного здравоохранения по расследованию вспышки и, таким образом, считать освобождаются от институциональных комментарий утверждение совета.

По материалам сайта nejm.org
По материалам сайта nejm.org

The New England Journal of Medicine - издаваемый на английском языке медицинский рецензируемый научный журнал. Издатель - медицинское общество Массачусетса, США. Это старейший периодический медицинский журнал в мире, и наиболее широко читаемое, цитируемое и влиятельное периодическое издание по общей медицине в мире.

Оставить комментарий

Ваш адрес электронной почты не будет опубликован. Обязательные для заполнения поля отмечены *