Распространение SARS-коронавирус-2 в исландской популяции


Торс-ков-2 инфекции

Таблица 1. Таблица 1. Исследование участников целевых тестирования или скрининга населения на торс-ков-2, по времени. Рис. 2. Рис. 2. Распределение целевых тестирования и скрининга населения на торс-ков-2 и положительными результатами, в зависимости от возраста и пола.

Показано распределение по полу и возрасту среди всех участников исследования, которые были направлены для проверки на наличие SARS-коронавирус-2 (панель), среди тех, кто принимал участие в открытом приглашению обследованиях населения (Группа Б), и среди тех, кто участвовал в случайную выборку (панель c). Также показаны доли участников, которые дали положительный результат стратифицированная по полу в адресно-тестирования группы (Группа D) и в популяции-скрининг группы (Группа Е). Кроме того, доля участников, которые дали положительный результат в скрининге населения представлены в соответствии с датой отбора проб в открытом приглашение (черный) и случайной выборки (красный) (Группа F). Сплошная синяя кривая на панели F указывает логистической регрессии линии, и пунктирная линии показывают 95% доверительные интервалы (ди) для логистической регрессии. Логистической регрессии наклон соответствует изменение -2% (95% Ди от -5 до + 1) в стоимость инфекции в день. Вертикальные линии обозначают 95% доверительные интервалы для возрастных групп (в панели D и E) и на отдельные даты (в Панель F).

На 4 апреля 2020 года, среди 9199 лиц, которые были направлены на испытания, 1221 (13.3%) дали положительный результат на торс-ков-2. Через массовое обследование населения, положительные результаты докладывались на 100 13,080 участников (0.8%; 95% доверительный интервал [Ди], от 0,6 до 1.0); положительные результаты испытаний были зафиксированы в 87 из 10,797 человек (0.8%; 95% Ди 0,6 до 1,0), которые приняли приглашение на тестирование и 13 2283 человек (0.6%; 95% Ди 0,3 до 0,9), которые были приглашены в произвольном порядке (табл. 1 и рис. 2). Процент инфицированных участников, который был определен через обследованиях населения остается стабильным в течение 20-дневного срока скрининга (рис. 2е).

Сбор образцов для скрининга населения началась 13 марта, а первые положительные результаты тестирования были доведены до сведения властей Исландии здоровье на 15 марта (рис. С2). Из-за этого сроки и быстрые изменения в определении зон высокого риска на исландские власти, мы сообщаем о целевом испытания в два этапа: ранний-период испытаний (с 31 января по 15 марта), а затем-фаза тестирования (16 марта до 31).

Начало тестирования

В начале целенаправленные испытания, 65,0% от участников, которые дали положительный результат на торс-ков-2 недавно выезжали за пределы Исландии. В более поздние фазы, 15.5% недавно выезжали за пределы страны (табл. 1 и рис. С3). Аналогичным образом, доля участников скрининга населения и которые недавно выезжали за пределы страны также упали резко в течение периода исследования. В целом, 23.0% лиц с положительными результатами теста с помощью скрининга населения недавно ездил, в отличие от 8.7% из тех, кто дали отрицательный результат.

Участников, которые дали положительный результат с первых адресной-тестирование и, кто ездил, 86.1% побывали в местах, которые подвержены повышенному риску к концу февраля (Китай и Альпы горные районы в Австрии, Италии и Швейцарии), в то время как только 1 из участников с положительным тестом, выявленных с помощью скрининга населения побывал в зоне повышенного риска. В карантин для лиц, прибывающих из этих районов с высоким уровнем риска учитывается очень низкая доля участников в популяции-скрининг группы, кто недавно ездил. С другой стороны, 12 из 87 участников (13.8%) с положительными анализы на скрининг группы недавно побывал в Великобритании, по сравнению с 1,8% из тех, кто испытывал негатив, который предполагает относительно начала распространения вируса в Великобритании население.

В ранней фазе целевые проверки, 40.1% участников, которые дали положительный результат, сообщили, что имели контакт с известным зараженным человеком, по сравнению с 60,2% в поздней фазе целевые проверки. Однако, сообщили только 6,9% участников в популяции-скрининг группы имели контакт с инфицированным человеком, наверное, потому, что инфицированных людей и их контакты оказались в изоляции, и поэтому не имеют права на скрининг населения.

Симптомы болезни

Среди участников с положительными результатами торс-ков-2, симптомы Covid-19 докладывались на 93% людей в общей целевой-тестирование группы и на 57% в общей численности населения-скрининг группы. Однако 29% участников, которые дали отрицательный результат в общей численности населения-скрининг группы также сообщили, что симптомы. Доклады симптомы стали менее распространены среди участников скрининга населения за исследуемый период (рис. С4).

Возраст и вирусной восприимчивости

Средняя (±стандартное отклонение) возраст лиц, которым были направлены для проведения испытаний в целом (40.3±18,4 года) был похож на средний возраст (39.7±18,0 лет) в общей численности населения-скрининг группы (рис. 2А по 2с). В двух наборов данных, те, кто дали положительный результат, были старше и имели более узкое распределение по возрасту, чем полный-участник набора данных (Таблица 1). Из 564 детей в возрасте до 10 лет в целевой группе тестирование, 38 (6.7%) получен положительный результат, в отличие от положительных результатов испытаний в 1183 от 8635 лица, которые были 10 лет и старше (13.7%). В анализах с участием участников до 20 лет, мы наблюдали постепенное увеличение с возрастом процента, которые дали положительный результат (рис. С5). В популяции отбор группы, различие было еще более выраженным: никто из 848 детей в возрасте до 10 лет положительный результат, по сравнению с 100 в 12,232 человек (0.8%; 95% Ди 0,7 до 1,0) в возрасте 10 лет и старше.

Секс и вирусной восприимчивости

В общем адресно-тестирование и скрининг групп, больше женщин, чем мужчин (60.5% и 55,1%, соответственно) (табл. 1). Однако, в целевом тестировании, процент мужчин, которые дали положительный результат был больше, чем у самок (16.7% против 11.0%), за отношение шансов составляет 1,66 (95% Ди, 1.47 до 1,87). В обследованиях населения, относительная разница между полами была похожа (0.9% против 0.6%), для отношения шансов в 1,55 (95% Ди, 1.04 до 2,30) (рис. 2Д и фиг. С6).

Вирусный Гаплотипов

Рис. 3. Рис. 3. Распределение вариантов по торс-ков-2 генома, медиана-присоединение сети гаплотипов, и совокупных показателей от целевых тестирования и скрининга населения.

Панель показывает распределение вариантов по SARS-коронавирус-2 генома. Гены торс-ков-2 е (конверт маленький мембранный белок), м (мембранный белок), Н (нуклеопротеидов), с (Спайк белка), и выходной (открытые рамки считывания) 10, 1аб, 3а, 6, 7а, 7б и 8. Различных подмножеств относятся все варианты, вариантов всего наблюдается в Исландии, и вариантов, что определяется вариант влияния предикторов, имеют низкий эффект (синонимичные варианты), умеренный эффект (миссенс-вариантов), или высокий эффект (потери функции вариантов). Группа B показывает средний присоединения к сети 802 гаплотипов с 1547 торс-ков-2 последовательностей (из которых 513 от Исландии). Каждый круг представляет собой другой тип последовательности, в которой размер круга отражает количество хостов перевозчика, а линии между кругами представляют собой одну или более мутаций, которые отличают типы последовательности. Круги окрашены в соответствии с регионами, где были получены образцы. Основные клады описаны и помечены, число последовательностей из исландцев указаны в скобках. Гаплотипы с клад а не обозначил. Панель c показывает совокупные показатели торс-ков-2 гаплотипы из целевого тестирования и скрининга населения как функция даты отбора проб. А2А* относится ко всем А2А гаплотипы, за исключением A2a1, А2а2, и A2a3. Пунктирная вертикальная линия указывает на начало скрининга населения.

Таблица 2. Таблица 2. Распространение SARS-коронавирус-2 гаплотипы, согласно сроков диагностики и международно-импортные или местные передачи.

Мы секвенировали торс-ков-2 РНК экстрагировали из образцов 643; из этих примеров мы получили охват более 90% от SARS-коронавирус-2 генома от 581 образцы, а более 67% от 605 образцов. Мы назвали 409 последовательность вариантов, 291 из которых не найден в базе данных GISAID (рис. 3А). (GISAID присоединении числа представлены в дополнительном приложении.) Мы использовали клады-информативный мутаций (таблица S3) для назначения гаплотипов лицам: 518 с адресно-тест и 59 от населения-скрининг группы (табл. 2, Рис. 3Ви рис. С7).

Географическое Вирусного Происхождения

Чтобы пролить дополнительный свет на географическое происхождение SARS-коронавирус-2-инфекции у жителей Исландии, мы получили средний-присоединяясь к сети 1547 вирусных последовательностей (513 от вирусных геномов от исландцев и 1034 от других популяций мира) (рис. 3Б). Несколько вирусных линий, появившихся в 3-4 месяца после оригинального начала в Китае, в среднем пять мутаций, отделяя линии от основания гаплотип из Вухана (центральный гаплотип клад а). Несмотря на усилия секвенирования значительно различаться среди населения, понятно, что географическое распределение клады хорошо структурированы. Таким образом, A и B гаплотипов распространены в Восточной Азии, в то время как B1a гаплотипов оказывается в центре вспышки на западном побережье Соединенных Штатов, и А2А и его потомки почти исключительно встречается в европейской популяции.

Состав гаплотипов

Гаплотипы торс-ков-2-инфекции наблюдается в Исландии кластера на несколько различных кладов (рис. 3Б). Чтобы оценить количество введений торс-ков-2 вируса в Исландию, мы искали инфицированных лиц, которые приехали на международном уровне или неизвестным источником инфекции. Это привело нас к 363 лицам, для которых вирусные геномы были секвенированы. Эти геномы сгруппированы в 42 различных кладов, который обеспечивает нижнюю границу на число отдельных введения.

Из 157 секвенированных вирионов, полученных в ходе ранней целенаправленной проверки, 143 были в А2 клада (табл. 2 и на фиг. С7). К тому времени мы инициировали проведение скрининга населения, все путешественники, которые вернулись из горнолыжных курортов в Альпах было предложено в изоляции и не имели право на участие, в результате которой существенно отличается по составу гаплотипов. Например, А2а2 гаплотип, который часто бывает у путешественников, прибывших из Австрии в ранней фазе целевые проверки, было гораздо реже, в отель в скрининговых обследований населения. Гаплотип А1а был более распространен среди населения в целом, чем у тех, кто получал адресные проверки, в общей сложности 23 из 59 гаплотипов среди участников населения, скрининг группы, по сравнению с только 8 из 157 гаплотипов в начале-целевые проверки.

Состав гаплотипов существенно изменилась с начала тестирования целевых позже целенаправленное тестирование. В A2a1 и А2а2 гаплотипов, которые в совокупности составил 103 из 157 гаплотипов (65.6%) в начале-целевые проверки, были уменьшены в 115 из 361 гаплотипов (31.9%), в дальнейшем-целевые проверки, в основном из-за увеличения частоты А1а и А2А других производных гаплотипов. Это изменение, вероятно, означало, что население скрининг идентифицированных кластеров зараженных лиц, которые высевают инфекцию из области, которые не были определены в качестве высокого риска, таких как Соединенное Королевство. Относительно высокая распространенность А1а и А2А клады в дальнейшем-тестирования целевых групп было неудивительно: целевое тестирование были включены те, кто ездил в дополнительных зонах повышенного риска и обследованиях населения были выявлены случаи, которые можно использовать для отслеживания усилия. В A2a3a и A2a2a гаплотипов были два самых распространенных гаплотипов в Исландии; из 577 человек, которые представили образцы, которые были упорядочены, в A2a3a гаплотип был найден в 78 (13.5%) и A2a2a гаплотип был найден в 45 (7.8%).

Гаплотип анализ контактных трассировки сетей

Рис.4. Рис.4. В целом кластеры в контакт-трассировка сети, сети кластера, в том числе Роман Отечественная мутация, и источник воздействия.

Панель показывает обзор всех кластеров в контакт-трассировка сети с торс-ков-2 гаплотипов. Панель B показывает контакт-трассировка сети для кластера, который включил в роман отечественного мутации (24054C→Т). Человек Т25 носил как штамм A2a1a и A2a1a+25958 процедить. Контакт-трассировка сетей показывают инфицированных лиц в качестве узлов и соединение между двумя узлами, где передача инфекции или контакт был установлен. В случаях, когда направление передачи было неоднозначным, как показано двунаправленной стрелкой. Человек, который путешествовал на международном уровне, указаны в коробки, представляющие свои направления. Цвет узлы представляют гаплотип вирусного штамма, либо как клад или клад плюс одна или более мутаций. Дополнительные мутации представляют позицию рядом с каждым узлом. Этикетки на узлы представляют собой идентификаторы, приведенные в порядке возрастания их идентификацию (например, Т6-шестой случай). Красным крестиком обозначены записанных контактов, что не согласуется с вирусными гаплотипов, перевозимых каждым лицом. Панель с показывает типа выдержка из контакта-отслеживание данных по дате изоляции и процент (верхний график) и общее количество (нижний график). Тип воздействия классифицируется на каждое положительное дело на следующие категории: Семейные, неизвестный, социальной, работы, (включая школы), Туризм (сообщили рабочие внутри страны в сфере туризма), и путешествия (международные поездки).

Гаплотип анализ, который основывается на торс-ков-2 последовательности накладывается на контакт-трассировка сетей16 показал соответствие между контактов, указанных на отслеживание команды и те, которые основаны на вирусные последовательности (рис. 4А). Из 369 пар людей нашли через отслеживание контактов, 295 согласуются с данными последовательности (т. е., их гаплотипы отличаются строго меньше 3 мутации).

На рис. 4Б показан один из самых сложных контакта-трассировка сетей, в которых кластеры, лиц, вернувшихся из Италии или Австрии передается вирус лицам в Исландии. На рисунке показана сеть из 14 лиц, которые были инфицированы в Исландии. Анализ гаплотипов показал, что эти люди были заражены вирусами с A2a1 гаплотип, чаще всего импортируемых из Северной Италии, чем из Австрии (табл. 2). Этот кластер содержит также лиц с мутацией, которая относится к Исландии. Кластер можно отнести к человеку, который, как мутировали и дикого типа гаплотипов; те, кого этот человек заражен только мутированный гаплотип. Мы искали людей, несущих эти мутации, которые не были связаны с этой группой и нашли два, которые, вероятно, заразились от кого-то в кластере через неизвестного контакта.

Отслеживание контактов и тип воздействия

Мы выявили воздействия на шесть категорий: семейные, социальные, туризма (работающих в индустрии туризма в Исландии), работы (включая школы), путешествия (международные), а также подозрительные и отмечены изменения в составе кадров из международных поездок и социального воздействия семейных воздействия с течением времени (рис. 4С).

По материалам сайта nejm.org
По материалам сайта nejm.org

The New England Journal of Medicine - издаваемый на английском языке медицинский рецензируемый научный журнал. Издатель - медицинское общество Массачусетса, США. Это старейший периодический медицинский журнал в мире, и наиболее широко читаемое, цитируемое и влиятельное периодическое издание по общей медицине в мире.

Оставить комментарий

Вы не указали адрес вашей электронной почты. Обязательные для заполнения поля отмечены *